重庆中国药科大学创新研究院是由中国药科大学和重庆两江新区管理委员会共同创办的事业单位，于2020年9月4日注册成立，位于重庆市两江新区。研究院采取“1+X”的组织架构，即1个研究院+多个平台、基地、中心的建设模式，下设新药研究中心、实验动物中心、高端制剂研究中心、药物分析检测中心、结构药理学平台、技术转移及产业孵化中心6大技术平台，形成以药物研发、技术服务、产业孵化、人才培养为核心业务的高端研发机构。
研究院以中国药科大学的基础研究和新药创制的人才资源和技术平台为依托，借助重庆两江新区的区位优势及政策优势，充分整合社会资源，宗旨为将研究院建设成为国内领先且具有国际影响力的创新药产出高地、药物研发技术服务平台和医药产业孵化基地。
研究院建筑面积近8000平米，拥有实验动物中心、制剂实验室、分析实验室、结构药理学实验室、药物化学实验室，配备了生物分子相互作用仪、蛋白纯化仪、液相色谱、气相色谱、液质联用仪、激光粒度仪、喷雾干燥机等药物研发仪器设备，设备总价值近4000万元。围绕药物临床前研究过程中的各方面需求，全方位地提供专业服务。